Nell'ambito dei traghetti, il Porto di Trieste possiede la più grande autostrada del mare tra la Turchia e l'Europa operata con dieci traghetti della compagnia U.N. Ro-Ro che possiede anche il 60% delle quote di Samer Seaports & Terminals, cioè la società che gestisce il terminal dove attraccano i traghetti che collegano il porto giuliano a quelli di Istanbul e Mersin. Dal molo VI partono invece altri tre traghetti della Ekol Logistik che collegano Trieste ad Haydarpasa (Istanbul). Per quanto riguarda l'Albania, ogni martedì parte da Trieste un traghetto della compagnia Adria Ferries con destinazione Durazzo. Da dicembre 2012 Grimaldi Lines attraverso la controllata Minoan Lines, ha attivato un servizio tra i porti di Trieste, Ancona, Gomenizza e Patrasso con i traghetti più veloci e lussuosi del Mediterraneo: Cruise Europa, Cruise Olympia e Europalink.

Per quanto riguarda il traffico container, il porto di Trieste è utilizzato dalle maggiori compagnie mondiali, come Maersk, CMA CGM, MSC, Evergreen, ZIM, Safmarine e Cosco, ed è il secondo porto container in Adriatico dopo Capodistria e prima di Venezia totalizzando nel 2014 la cifra record di 506.007 TEU.

Il porto di Trieste possiede inoltre un moderno terminal passeggeri che ha più che raddoppiato il suo traffico fra il 2010 e il 2013 e che nell'ambito della diminuzione del passaggio delle grandi navi a Venezia si propone alle compagnie crocieristiche come porto passeggeri di riferimento per l'Alto Adriatico con collegamenti sia via terra che via mare con la città lagunare.