Il porto della città è suddiviso in due bacini: il porto nuovo ed il porto canale. Il primo è artificiale, e, chiuso a ponente dalla diga foranea, si protende per 1.460 metri ad est dall'antemurale curvilineo, a difesa della banchina Mokarta e delle due darsene che si aprono sul versante occidentale, nonché della banchina Edrisi costituente, assieme alla banchina di buon vento, l'approdo turistico sul versante est. Il secondo, è un antico porto naturale ricavato alla foce del fiume Mazaro, che si addentra per circa 700 metri.

Il porto di Mazara del Vallo realizza funzioni commerciali, di scalo passeggeri, approvvigionamento petrolifero per la presenza di un deposito di carburanti costiero, di scalo industriale, ospitando diversi cantieri navali, ed infine scalo peschereccio, essendo la principale base di pescherecci d'altura del Mediterraneo.

È sede del Compartimento marittimo, l'unico, con quello di Salerno, autorizzato a registrare le matricole del naviglio maggiore alla stregua di una Direzione Marittima.
Nel porto si trovano altresì navi appoggio ed unità idrografiche adibite alla manutenzione del gasdotto sottomarino Italia-Algeria che sbocca nei pressi di Capo Feto, nonché di cavi a fibre ottiche che si dipartono sia dal litorale di Tonnarella che di San Vito, rispettivamente ad ovest e ad est della città.

Il movimento commerciale nel porto viene operato presso le banchine Mokarta e Ruggero II, quest'ultima dotata di 4 silo per lo stoccaggio del cemento sfuso. Alla banchina Mokarta attraccano anche le navi da crociera in transito, mentre i servizi regolari di trasporto passeggeri fanno scalo alla banchina Ammiraglio Francese nel porto nuovo, o alla banchina Giovan Battista Quinci, all'uscita del porto canale sul versante est.

Ancorati alla banchina Edrisi sul lato interno della diga antemurale si trovano dei pontili galleggianti, costituenti un approdo turistico capace di più di 300 posti barca per naviglio da diporto di ogni dimensione, e dotato di tutti i servizi, a partire dall'approvvigionamento idrico e di carburante. Altra possibilità di ormeggio presso strutture organizzate è data dalla banchina di buon vento, che unisce la banchina Edrisi alla terraferma (piazzale Quinci) mentre il porto canale (banchina Comandante Caito) offre possibilità di ormeggio libero e gratuito alle unità in transito.

A 0,7 miglia a est del porto commerciale si trova il porticciolo di San Vito, un secondo approdo turistico più piccolo del precedente, ormai in disuso vista l'ingiunzione di sgombero dalla Capitaneria di Porto, costituito da una scogliera di soprafflutto lunga 90 m e da una scogliera di sottoflutto.