Lo scalo piombinese utilizzato principalmente come porto di sbarco del minerale di ferro proveniente dall'Isola d'Elba era già presente nel V secolo d.c., in quanto viene menzionato da Claudio Rutilio Namaziano nel 417 come porto di Falesia. Entrato in decadenza nell'alto Medioevo, fu riutilizzato con assiduità dalla costituzione dello Stato di Piombino, nel 1399. Pur trovandosi al di fuori delle mura (circa 3 km dalla Porta a Terra) era il principale scalo cittadino e di tutto lo Stato, utilizzato per i commerci, per la flotta militare e per la flotta pescherecci (lo scalo cittadino di Marina, altro porto piombinese era di modeste dimensioni). Nel XIX secolo, a seguito della nascita di impianti siderurgici nelle vicinanze di Piombino, il porto ebbe uno sviluppo esponenziale, con la costruzione di un molo e 4 pontili. Durante la Seconda guerra mondiale il porto fu quasi completamente distrutto. Al termine del conflitto, esso fu ricostruito e conobbe un ulteriore sviluppo negli anni sessanta con lo sviluppo del turismo di massa verso l'Isola d'Elba. A seguito di ciò il porto oltre che merci divenne anche porto passeggeri con più di un milione di persone trasportate ogni anno. Negli ultimi decenni accanto alla compagnia di navigazione Toscana Toremar e alla Moby S.p.A. si sono poste alcune altre compagnie che hanno inaugurato rotte anche verso la Sardegna e nel 2010 la compagnia BluNavy in linea su Portoferraio. Va infine menzionata una modesta aliquota di traffico di pescherecci a strascico.Dall'estate 2017 Corsica Ferries Sardinia Ferries decide di investire sullo scalo Toscano,aggiungendo corse per la Corsica,realizzando più corse per Bastia,anche senza scalo a Portoferraio e la nuova linea per Portovecchio,ma la compagnia arriva anche in Sardegna con un'ulteriore linea per Golfo Aranci.Tutto questo grazie anche al l'aggiunta di una nuova nave nel porto,ovvero la Sardinia Vera.