La Repubblica Marinara di Gaeta nasce nell'875, anno in cui il Ducato di Gaeta, sotto Marino I (il secondo della dinastia degli ipati), iniziò a coniare una propria moneta: il “follaro”. Questo avvenimento dotò la città di un'indipendenza di fatto, e unitamente alla libertà di navigazione ed al fiorente commercio marittimo, la rese Repubblica Marinara. Il porto veniva considerato luogo strategico per tutte le attività commerciali ed economiche, cuore pulsante per gli scambi. All'epoca del suo massimo splendore, la repubblica di Gaeta intratteneva commerci con le più importanti città italiane, le navi arrivavano fino a Costantinopoli e in Siria e aveva numerosi consolati in Barberia (attuali Libia, Tunisia, Algeria e Marocco). Dopo la fine dell'indipendenza continuò a commerciare olio e grano con Roma, Corneto, con la Sicilia e con la Sardegna. Gaeta fu Repubblica Marinara fino al 1140 quando il ducato fu annesso nel Regno di Sicilia.

Dal porto di Gaeta il 24 giugno 1571, la flotta pontificia (sotto il comando dell'ammiraglio Marcantonio Colonna), salpò per raggiungere il resto della flotta cristiana (comandata da don Giovanni d’Austria) per combattere contro i Saraceni. La navigazione all'interno dell'area portuale è sempre stata oggetto di regolamentazione, come risulta dagli antichi statuti (di cui il principale è sicuramente il Codex diplomaticus cajetanus): era vietato gettare in mare zavorre e rifiuti di qualsiasi tipo; i moli dovevano rimanere sgombri e puliti per poter garantire sempre la massima efficienza nelle operazioni di carico e scarico delle merci.

Data la rilevanza nevralgica, Ferdinando I, con ordinanza del 1º ottobre 1818, classificò il porto di Gaeta di II^ classe. In quell'epoca, nel borgo di Gaeta si erano affermate fiorenti industrie marittime tenute in alta considerazione per l'intensa attività svolta ed erano molto apprezzate per la specifica capacità delle maestranze, e in tal contesto rivestiva vitale importanza la Scuola nautica del borgo. La scuola aveva lo scopo di impartire l'istruzione professionale ai giovani del luogo e non, che intendevano avviarsi alla professione marittima di capitano per il piccolo cabotaggio. Con la caduta del governo Borbonico la scuola cessò di funzionare.

La nascita del Regno d’Italia fece tabula rasa degli ordinamenti vigenti, ed ancor prima della istituzione della capitaneria di porto, con R.D. del 30 giugno 1861/171, il servizio del porto e delle spiagge venne affidata alla luogotenenza del porto di Gaeta con sede nel bastione borbonico denominato ``Poterna`` dove tuttora si trova. Il personale addetto alla luogotenenza era composto da un pilota e due guardiani di porto, di cui uno per Mola di Gaeta.

Con il R.D. 20 luglio 1865 n. 2438, fu operata la fusione dei porti con i consolati di mare con l'istituzione di un unico corpo civile denominato delle capitanerie di porto, dipendente dal Ministero della Marina, al quale furono affidate mansioni tecniche ed amministrative. La capitaneria di porto di Gaeta aveva competenza dal confine romano a Mondragone, inclusa l'isola di Ponza con uffici dipendenti dispiegati tra Formia, Mondragone e Ponza. Il personale era composto da un capitano di porto di III^ classe, un ufficiale di porto di II^ classe, un guardiano di porto di I^ classe ed uno di II^ classe, due marinai di II^ classe, un inserviente fisso e due amanuensi. Il materiale galleggiante assegnato era una barchetta a 2 remi e per le spese d'ufficio. La somma fissa disponibile era di Lire 350. Successivamente con i RR.DD. 840/1932 e 2166/1935 venivano modificate le circoscrizioni territoriali delle direzioni marittime del Lazio e di Napoli per cui la giurisdizione litoranea della capitaneria di Gaeta posta sotto la direzione marittima del Lazio, veniva stabilita ``dalla Torre Gregoriana al Garigliano escluso``. Ad essa apparteneva inoltre l'ufficio marittimo di Formia, le delegazioni di spiaggia di Sperlonga e Minturno e successivamente anche l'ufficio marittimo di Ponza. In seguito la competenza territoriale della capitaneria di porto di Gaeta subì altre modifiche sino a giungere a quella odierna che si estende dal comune di San Felice Circeo incluso al fiume Garigliano comprese le isole Pontine e gli scogli vicini.